蘋果矮化樹與喬化樹的優劣差異；
（1）組織結構的差異：
矮化砧蘋果苗或短枝型品種，根系皮層發達，而木質部細小，導管少而細，皮層與木質部的比率（根皮率）明顯增大。同時木質部組織射線和薄壁細胞等活組織的含量較高，韌皮部中的篩管小且少。矮化砧蘋果樹苗根系的根毛粗而短，吸收能力較低。這些組織構造上的差異，一方面影響了根系吸收的水分和無機鹽類向地上部的供應，限制地上部的生長；另一方面影響地上部光合產物向根系輸送，限制了根系生長和吸收功能，又反過來影響地上部的生長。
（2）光能利用率的差異：
矮化蘋果樹，特別是利用矮化砧的矮化蘋果樹苗，葉片較厚，柵欄組織發達，單位葉面積內的葉綠素較多，凈二氧化碳吸收率高，光合作用較強，單位面積所具有的相同重量的葉片所積累的光合產物，明顯高于喬砧蘋果樹，而呼吸和蒸騰強度低于喬砧樹，因而有利于營養物質的積累，有利于花芽分化，并獲得早產高產。
（3）樹體營養分配上的差異：
矮化蘋果樹生長季內樹體營養水平與晚秋的貯藏營養水平，顯著高于喬砧稀植蘋果樹。矮砧蘋果樹的氨態氮、糖、淀粉、鉀含量均高于稀植蘋果樹，所以有利于花芽的形成。
矮砧蘋果樹光合產物較少消耗于枝干營養生長。從樹體內干物質分配情況來看，喬砧稀植果樹果實和枝干中分配的干物質大體相等；而矮砧密植蘋果樹，果實中干物質量比枝干中干物質量多5倍以上。這說明矮砧密植蘋果樹光合作用形成的同化物質，大量輸送于果實生長，消耗于枝干營養生長較少，所以矮化密植樹生產效率比喬化稀植樹高。
（4）生長抑制物質含量的差異：
嫁接在矮化砧木上的蘋果苗品種，其脫落酸的含量較高，而赤霉素的含量較低，并且矮化砧中脫落酸的含量與矮化程度呈正相關，極矮化砧、矮化砧和半矮化砧蘋果樹脫落酸的含量分別為喬化砧的5倍、3倍和2倍。脫落酸是生長抑制物質，能抑制細胞分裂和伸長，從而抑制枝梢的生長和根的分根，使樹體矮化。
（5）相關酶含量及活性的差異：
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